Projectos "Verão com Ciência 2021"

Descrição: Amplificação de fragmentos de DNA por PCR e sua clonagem em plasmídeos que contêm regiões para recombinação homóloga com o genoma de S. pneumoniae. Estes plasmídeos serão transformados para Escherichia coli, para serem isolados e sequenciados. Após verificação da sua sequência, os plasmídeos selecionados serão introduzidos em S. pneumoniae de modo a selecionar estirpes mutantes que expressam diferentes proteínas fluorescentes.

Descrição: A bactéria Geobacter sulfurreducens tem a capacidade de efetuar transporte extracelular de eletrões e foram identificadas duas vias alternativas associadas a dois citocromos da membrana interna, dependentes do potencial redox do aceitador final de eletrões. Neste projeto o aluno irá realizar testes de expressão de uma destas proteínas.

Descrição: A avaliação do valor nutricional das algas marinhas utilizadas como produto alimentar irá contribuir para o conhecimento científico destas espécies bem como promover o aumento da utilização das algas na gastronomia. Assim, pretende-se desenvolver produtos lácteos que incorporam macroalgas da costa portuguesa, bem como a caracterização bioquímica destas macroalgas e produtos lácteos enriquecidos.

Descrição: Bactérias patogénicas podem utilizar o peróxido de hidrogénio como aceitador de eletrões. Para tal, codificam no seu genoma uma enzima, a peroxidase bacteriana. Esta enzima será produzida de forma heteróloga, e a sua actividade enzimática in vivo e in situ será analisada. O aluno terá contacto com técnicas de microbiologia, engenharia genética, mutagénese dirigida, produção e purificação de proteínas, assim como espectroscopia de UV-visível.

Descrição: A popularidade da alimentação para animais de companhia à base de carne crua tem aumentado nos últimos anos, embora as evidências científicas relativas à sua segurança permaneçam limitadas. Com este trabalho pretende-se avaliar a ocorrência de Enterobacteriaceae resistentes a múltiplos antimicrobianos clinicamente relevantes em alimentos crus para cães comercializados em Portugal. Serão estudados 60 isolados previamente recuperados de 14 amostras de diferentes marcas. A identificação das espécies será efetuada por PCR e MALDI-TOF MS, a avaliação da suscetibilidade aos antimicrobianos pelo método de difusão com discos, Etest e microdiluição, a identificação de genes de resistência clinicamente relevantes por PCR e a clonalidade por espectroscopia FTIR e MLST.

Descrição: As endolisinas fágicas reconhecem e hidrolisam especificamente o peptidoglicano das espécies alvo do respetivo fago. Neste projecto vai-se realizar um ensaio de interação entre o domínio de reconhecimento da endolisina do fago Twort e peptidoglicano, extraído de espécies de Staphylococcus, que difere na sua ponte interpeptídica.

Descrição: O objetivo do projeto proposto é a caracterização funcional e estrutural de proteínas de bactérias comensais codificadas por conjuntos de genes expressos para a utilização de polissacáridos (PUL, Polysaccharide Utilisation Loci). Essas proteínas são responsáveis pelo reconhecimento dos hidratos de carbono do hospedeiro (por exemplo, O-glicanos da mucina intestinal), fornecendo-os como nutrientes para as bactérias. O aluno identificará novas especificidades de ligação das proteínas usando microarrays de hidratos de carbono. As interações proteína:hidrato de carbono identificadas serão posteriormente analisadas e caracterizadas estruturalmente por cristalografia de raios-X.

Descrição: Neisseria gonorrhoeae é a bactéria responsável pela doença sexualmente transmissível, gonorreia. O desenvolvimento de novos antibióticos contra esta bactéria é de elevada prioridade, de acordo com a Organização Mundial de Saúde, uma vez que o número de estirpes resistentes aos compostos usados no tratamento tem uma elevada prevalência. Assim, vias como o metabolismo do nitrito podem ser considerados alvos para o desenvolvimento de novos fármacos. Neste projeto, o aluno irá isolar e caracterizar a nitrito reductase de Neisseria gonorrhoeae. O aluno terá contacto com técnicas de microbiologia, engenharia genética, mutagénese dirigida, produção e purificação de proteínas, assim como espectroscopia de UV-visível. O aluno também irá realizar a síntese de composto biomiméticos e de possíveis inibidores desta enzima.

Descrição: A infeção persistente pelo vírus do Papiloma Humano (HPV) é uma das principais causas que leva ao aparecimento do Cancro do Colo do Útero (CCU). Entre outros mecanismos envolvidos, a oncoproteína E6 do HPV liga-se à ubiquitina ligase celular (designada E6AP) provocando uma alteração estrutural em E6 para formar o complexo E6/E6AP/p53 que vai culminar na degradação do supressor de tumor p53. Assim, este projeto pretende realizar estudos in silico para selecionar potenciais pequenas moléculas derivadas de flavonoides que possam bloquear/interferir na interação E6-p53. Também se pretende verificar por estudos in vitro, a influência das moléculas selecionadas na viabilidade de células HPV positivas e negativas.

Descrição: Explorar os efeitos de congestionamento macromolecular na estabilidade de proteínas, em particular no equilíbrio entre a conformação estruturada e desestruturada, e nas interações açúcar-proteína usando lizados de Escherichia coli como mímico do ambiente fisiológico e utilizando o RMN como técnica analítica.

Descrição: Staphylococcus aureus, nomeadamente as estirpes MRSA, é a principal causa de infeções hospitalares, sobretudo devido à sua capacidade de adquirir resistência a todas as classes de antibióticos e de evadir o sistema imune do hospedeiro. Para tal, uma das estratégias utilizadas por S. aureus, é alterar a estrutura da sua parede celular. Neste projeto, mutantes de transposição com parede e resistência alteradas vão ser caracterizados e a sua mutação identificada por diversas técnicas de microbiologia, biologia molecular e genómica.

Descrição: O aluno irá produzir e estudar uma variante da proteína tri-hémica PpcA de Geobacter metallireducens, a qual desempenha um papel importante nos processos de transferência electrónica extracelular. Primeiramente, ir-se-à expressar e purificar a proteína e, em seguida, será efectuada uma caracterização estrutural utilizando a técnica de ressonância magnética nuclear (RMN). A proteína será também caracterizada funcionalmente utilizando em conjunto a espetroscopia de RMN e titulações UV-visível.

Descrição: Carbon monoxide (CO) is an endogenous gasotransmitter that has been described to be cytoprotective and anti-inflammatory in several tissues, including in the Central Nervous System. In addition, primary cilium is a sensor organelle, which may promote cell survival in response to stress. The final aim is to disclose whether ciliogenesis is important for CO to maintain astrocytic survival in response to oxidative stress. In this short training mission, the student will knockdown the expression of IFT88 gene, which is involved in ciliogenesis, then ciliogenesis (cilia number and length) will be assessed. Likewise, the ability of CO to prevent astrocytic cell death induced by oxidative stress will be followed whenever IFT88 is downregulated. The main techniques are immunocytochemistry (microscopy) and flow cytometry, using primary cultures of astrocytes.